Eu acho que, desde que você não altere a paleta e use “theme default”, a cor muda como esperado. Mas, uma vez que você seleciona outra coisa, o resultado é confuso.
@tobiaseigen disse que é uma área em que eles estão trabalhando atualmente em How to make the automatic dark theme the same as the selected dark theme? - #5 by tobiaseigen. Então, espero que melhorar a configuração para administradores também facilite para os usuários.
Eu acho que ter uma paleta de cores clara e escura padrão por tema, que é definida quando o usuário escolhe esse tema, ajudaria. Caso contrário, selecionar paletas como cinza âmbar é difícil porque não é uma opção para todos os temas e a configuração padrão do esquema de modo escuro torna as coisas ainda mais confusas.