No te preocupes. Kris o alguien más eventualmente actualizará el tema.
Si tienes curiosidad desde el punto de vista técnico, esto está relacionado con Removing support for "template overrides" and mobile-specific templates.
Si solo son cambios de CSS, te animo a crear un nuevo componente de tema:
Luego, adjúntalo al tema oficial reddit-ish y mueve tu CSS a este componente.
De esta manera, obtendrás actualizaciones oficiales mientras mantienes tu CSS personalizado.