Hallo @manuel 
Ich habe die gleiche Struktur erstellt und
@import "desktop/footer";
zu desktop/desktop.scss
@import "mobile/footer";
zu mobile/mobile.scss
Ich habe auch versucht, beide zu desktop/desktop.scss oder mobile/mobile.scss zu importieren.
Es funktioniert für mich. Ich habe es im Theme Creator ausprobiert.
Habe ich etwas übersehen? 
Kannst du ein Beispiel teilen? 