Zum Beispiel habe ich eine Struktur wie:
Die Datei im Ordner mobile wird nicht erkannt. Ich müsste sie anders benennen. Kann dies geändert werden oder ist es Teil der Art und Weise, wie die Dateien verarbeitet werden?
Hallo @manuel 
Ich habe die gleiche Struktur erstellt und
@import "desktop/footer";
zu desktop/desktop.scss
@import "mobile/footer";
zu mobile/mobile.scss
Ich habe auch versucht, beide zu desktop/desktop.scss oder mobile/mobile.scss zu importieren.
Es funktioniert für mich. Ich habe es im Theme Creator ausprobiert.
Habe ich etwas übersehen? 
Kannst du ein Beispiel teilen? 