Hola @manuel 
Creé la misma estructura y
@import "desktop/footer";
a desktop/desktop.scss
@import "mobile/footer";
a mobile/mobile.scss
Intenté importar ambos a desktop/desktop.scss o mobile/mobile.scss también.
Me funciona. Lo probé en el creador de temas.
¿Me he perdido algo? 
¿Puedes compartir un ejemplo? 