Salut @manuel 
J’ai créé la même structure et
@import "desktop/footer";
vers desktop/desktop.scss
@import "mobile/footer";
vers mobile/mobile.scss
J’ai aussi essayé d’importer les deux vers desktop/desktop.scss ou mobile/mobile.scss.
Ça marche pour moi. Je l’ai essayé dans le créateur de thèmes.
Ai-je oublié quelque chose ? 
Peux-tu partager un exemple ? 