Esta es la forma correcta 
No hacer copias/bifurcaciones de GitHub.
Y como de costumbre, hay un pero. Para mí, de todos modos, si el mundo de WordPress te resulta familiar, la pregunta es muy similar a si se debe usar functions.php para cambios dependientes del tema, algo como fragmentos de código cuando el cambio no depende del tema o un tema hijo si se debe editar el tema o el plugin; y si se usa un tema hijo, se perderán las actualizaciones de esa parte.