Questo è il modo giusto 
Non fare copie/fork da GitHub.
E come al solito c’è un problema. Per me almeno — se il mondo di WordPress ti è familiare, la domanda è molto simile a quella se si debba usare functions.php per le modifiche dipendenti dal tema, qualcosa come snippet di codice quando la modifica non dipende dal tema o un tema figlio se si deve modificare il tema o il plugin; e se si usa un tema figlio, si perderanno gli aggiornamenti di quella parte.