Este é o caminho certo 
Não fazer cópia/fork do GitHub.
E como sempre há um problema. Para mim, de qualquer forma — se o mundo WordPress for familiar, a questão é muito semelhante a usar o functions.php para alterações dependentes do tema, algo como snippets de código quando a alteração não é dependente do tema ou um tema filho se for preciso editar o tema ou plugin; e se um tema filho estiver em uso, você perderá as atualizações dessa parte.