Насколько я понимаю, задачи rake destroy не удаляют данные из базы данных, а только выполняют мягкое удаление. Для жёсткого удаления вам потребуется доступ к консоли Rails.
Мои навыки работы с Rails не очень хороши, поэтому я не решаюсь давать конкретные советы, особенно для задачи такого масштаба , но есть несколько рекомендаций, которые вы можете использовать для исследования необходимых действий. Например: