Как я (правильно) говорил ранее, этот экземпляр (на данный момент?) использует S3 только для резервных копий, а не для загрузок.
Резервные копии для 2 из 3 подсайтов помещаются в корень бакета для резервных копий. Основной сайт отправляет их в default, как и ожидалось, и один из экземпляров мультисайта отправляет их в директорию sitename.