Хм, это странное поведение. Вы имеете в виду резервные копии, загружаемые через браузер, или созданные системой?
Я не вижу причин, по которым резервные копии, созданные системой, оказались бы не в том месте. Код выглядит довольно прямолинейно.
s3_helper настроен с правильным именем бакета и мультисайта.