Ах, я не знал, что там тоже есть логи 
спасибо, что обратили внимание!
Там происходит много всего, похоже, что при каждой пересборке сертификаты обновлялись? Потому что там очень много операций обновления. И @helmi прав, думаю, это именно то, что вы имеете в виду:
[Сб 25 янв 2020 18:48:31 UTC] Ошибка создания нового заказа. Le_OrderFinalize не найдено. {
“type”: “urn:ietf:params:acme:error:rateLimited”,
“detail”: "Ошибка при создании нового заказа :: для точного набора доменов уже выдано слишком много сертификатов: $
“status”: 429
Так… как мне обойти это?
редактирование: согласно letsencrypt:
Если вы достигли лимита запросов, мы не можем временно его сбросить. Вам нужно подождать, пока лимит истечет через неделю.
а затем я нашел Rate Limits - Let's Encrypt
так что… думаю, мне просто придется подождать неделю…
редактирование 2: я проверил на https://crt.sh/, и за последнюю неделю я вижу только 10 сертификатов? не 50…
вопрос: когда он считает сертификат обновлением? только при пересборке приложения, я полагаю?