Все элементы фирменного стиля находятся в разделе Настройки → Фирменный стиль
/admin/site_settings/category/branding
Значок сайта (32x32) и значок для Apple (180x180) — это 7-й и 8-й пункты в списке. Возможно, удаление существующих и повторная загрузка новых файлов исправит для них правильные URL-адреса.