In passato non era assolutamente così; ci facevano questa domanda con una certa regolarità, prima del cambiamento citato da @falco. Eseguita una rapida ricerca, la frequenza con cui ci veniva posta questa domanda è crollata con l’introduzione di quella PR.
La stragrande maggioranza delle installazioni funziona con Let’s Encrypt “out of the box”; i problemi si verificano solo quando si fanno cose strane con proxy inversi o regole di rete.