Docker и менеджер Docker — это две разные вещи, и вам также необходимо периодически выполнять обслуживание хост-сервера.
В системах на базе Ubuntu/Debian это так же просто, как
apt update
apt full-upgrade
И, при необходимости, перезагрузка, чтобы убедиться, что применены обновления нового ядра.