Мне удалось установить версию 2.9.0.beta2 (идентификатор коммита: 88a8584348ed93a28286839bfc1c32b06bd50b3f), указав идентификатор коммита в качестве значения параметра “version” в файле app.yml. На этот раз обновление прошло успешно. После этого я смог обновиться до версии 3.0.0.beta16.
Спасибо всем.