Hmm, me pregunto si alguna vez es una mala idea hacer una reconstrucción desde la línea de comandos. Entiendo que no hay riesgo adicional. Pero existe un costo adicional potencial: es un poco menos conveniente hacerlo; con una instalación estándar causará más tiempo de inactividad; y necesita más espacio libre en disco para hacerlo. Si tiene muy poco espacio, eso significa que necesita más cuidado.
En cualquier caso, recomiendo encarecidamente hacer una copia de seguridad inmediatamente antes de cualquier actualización y descargar esa copia de seguridad para guardarla de forma segura. (Una instantánea de la máquina, si su proveedor le ofrece la facilidad, también podría ser útil, pero no es una copia de seguridad).