Хм, интересно, может ли пересборка через командную строку когда-либо быть плохой идеей. Насколько я понимаю, дополнительного риска нет. Однако есть потенциальные дополнительные издержки: это немного менее удобно; при стандартной установке это вызовет больше простоев; и требуется больше свободного места на диске. Если у вас очень мало места, это потребует большей осторожности.
В любом случае, я настоятельно рекомендую сделать резервную копию непосредственно перед любым обновлением и скачать её для безопасного хранения. (Снимок машины, если ваш провайдер предоставляет такую возможность, также может быть полезен, но это не замена резервной копии.)