Мне трудно представить ситуацию, когда пересборка через командную строку менее безопасна, чем через веб-интерфейс, но, возможно, если происходит обновление базы данных, о котором вы не знаете? Однако первое, что нужно сделать при возникновении практически любой проблемы, — это выполнить пересборку.