Script de atualização não respeitou a versão do app.yml, ainda em beta

Por padrão, a linha version: é precedida por um #

Você a removeu antes de reconstruir?

O # comenta a linha; se estiver presente, o valor padrão para version: será usado, que é tests-passed.

Há muito pouco benefício em usar stable; desde que você teste as versões antes de atualizar seu site ao vivo, provavelmente não há nenhum problema.