Simplemente no necesita estar ahí. Siempre intentaría que la instalación funcione con la menor complejidad y luego seguiría a partir de ahí.
Let’s Encrypt solía ser un impedimento, pero ya no es el caso.
Además, asegúrate de reconstruir con la plantilla de CloudFlare, de lo contrario, te encontrarás con muchos otros problemas divertidos, ya que todo parecerá originarse en su red.