Hola @BradCray,
Yo también experimenté el mismo problema al usar import_mbox.sh con archivos mbox de Mailman.
Rastrearé el problema hasta extract_from_mozilla(doc) en lib/email/receiver.rb y realicé una corrección sencilla que he incluido en una PR https://github.com/discourse/discourse/pull/13176.
El método extract_from_mozilla ocultaba cualquier etiqueta con un atributo class que comenzara con \"moz-\". Mi ajuste excluye de estas etiquetas ocultas aquellas cuyo atributo class comience con ^moz-txt-link\\b, lo que, según creo, cubre los enlaces de Thunderbird (basado en el gran archivo mbox con el que trabajé).
No he tenido tiempo de escribir pruebas, por lo que es posible que la PR no sea aceptada, pero siéntete libre de usarla (aunque ten en cuenta que probablemente se perderá en cualquier actualización a menos que la PR sea aceptada).
Solo lo he probado con archivos mbox importados, pero creo que debería funcionar también con correos recibidos recientemente.
Desafortunadamente, no creo que funcione durante una regeneración (rebake) (no funcionó para mí), por lo que podría ser bastante difícil aplicarlo de manera retrospectiva.