При применении изменений исторически сбрасывалось только значение по умолчанию для тех, кто не выбрал предпочтения вручную, чтобы не переопределять индивидуальные выборы (например, включение уведомлений по электронной почте для тех, кто от них отказался). Указанное число должно показывать, сколько пользователей было затронуто, то есть только тех, кто подлежал изменению, а не общее количество пользователей.
Вы можете установить значения для этих пользовательских предпочтений через консоль Rails. 
В этой теме есть некоторые советы: Edit a user preference for everyone or a subset of users