Quindi ho tentato la sorte e (dopo aver salvato delle copie) ho eliminato /shared/ssl/forum.* e /shared/ssl/ssl* e ho ricostruito di nuovo, e questo sembra aver risolto il problema.
Quindi sembra che stia rilevando /shared/ssl/ssl.crt se uno vecchio è rimasto in giro, piuttosto che utilizzare quelli che dovrebbe utilizzare.