Eso es lo esperado cuando deshabilitas todos los plugins y temas. Pero ahora sabes que el problema está causado por uno de tus plugins o temas. Puedes intentar deshabilitar solo una de las opciones para averiguar si el problema proviene de un tema o un plugin.
Además, no veo ningún código que requiera un cambio en el componente PlaceHolder. Sin embargo, puedo ver que se actualizó hace 5 meses para solucionar un problema similar con el menú.
¿Comprobaste si el componente tiene una actualización?
La razón por la que nuestra instancia tuvo este problema fue porque nuestro servidor tuvo problemas para conectarse a GitHub y, por lo tanto, este componente no se actualizó en su momento.