No estoy seguro exactamente por qué, pero podría haber alguna dificultad para decidir si mostrar la etiqueta cuando solo se usa en categorías restringidas. Creo que si la configuración del sitio Incluir categorías seguras en los recuentos de etiquetas está habilitada, las etiquetas en categorías restringidas aparecen para todos.
Pero creo que una etiqueta también será visible en la lista de etiquetas con el recuento correcto según tus permisos si la configuración está deshabilitada y se aplica al menos a un tema en una categoría pública. Por lo tanto, no estoy seguro de por qué está oculta si solo se usa en categorías restringidas.