Ah, gracias por las indicaciones aquí, y debería haber dejado claro que no estaba hablando de cuando todo el sitio es Discourse (en ese caso, no hay ninguna razón para cambiar la navegación en absoluto).
El único misterio que queda es por qué algunos sitios que incorporan Discourse optan por tener la navegación de “nasa” que he descrito (y observado en pruebas de usuario). Pero eso, por supuesto, depende de ellos.
¡Gracias de nuevo a todos por su ayuda!