Ah, obrigado pelas dicas aqui - e eu deveria ter deixado claro que não estava falando sobre quando todo o site é Discourse (nenhuma razão para mudar a navegação nesse caso).
O único mistério que resta é por que alguns sites que incorporam Discourse optam por ter a navegação em “cesto de lagosta” que descrevi (e observei em testes de usuário). Mas isso, é claro, depende deles.
Obrigado novamente a todos pela ajuda!