Это зависит от плагина. Некоторые добавляют функционал, некоторые — нет.
Некоторые добавляют пользовательские поля. Некоторые добавляют таблицы. В большинстве случаев они не наносят вреда, и вы с большей вероятностью сломаете что-то, пытаясь их удалить, чем они сами вызовут проблемы.