/etc/sysctl.d가 비활성화(deprecated)되었다고 생각하지 않습니다. 해당 디렉토리에 나열된 다른 파일들을 살펴보고 /etc/sysctl.d/10-huge-pages.conf를 덮어쓰고 있는 파일이 있는지 확인해 주시겠어요? 아마도 그 50-priority 파일들 중 하나일 수도 있습니다.
더 나은 해결책은 huge-pages 설정의 우선순위를 높여서 이기도록 변경하는 것일 것입니다. 하지만 저는 현재 제 시스템에서 해당 버전 중 어느 것도 실행하고 있지 않습니다.
또한 tuned가 해당 설정을 덮어쓰고 있는지 여부도 확인해 보세요.