Ecco qui…
Ovvero dal codice:
SiteSetting.disable_emails = "non-staff"
La mia impostazione al momento dell’arrivo era no disable, il che significa abilitato 
Ma il mio script non tocca questa impostazione; e in base.rb è impostata su yes. Quindi al momento non ho alcuna spiegazione su come le email siano state abilitate (o non disabilitate) 
Ho anche controllato il codice dell’unico plugin che sto usando, discourse-migratepassword, ma non c’è alcun riferimento a questa opzione nemmeno lì.
Nessuna risposta necessaria: il mio problema è risolto, grazie per questo. Mi chiedo ancora cosa sia successo, ma al momento è una preoccupazione minore.