Então, aqui está…
Ou via código:
SiteSetting.disable_emails = "non-staff"
Minha configuração, quando cheguei lá, era no para desativar, ou seja, ativado 
Mas meu script não mexe nessa configuração; e em base.rb ela está definida como yes. Então, atualmente, não tenho explicação para como os e-mails foram ativados (ou falharam em ser desativados) 
Até verifiquei o código do único plugin que estou usando, discourse-migratepassword, mas não há menção a essa opção lá também.
Não é necessário responder — meu problema está resolvido, obrigado por isso. Fico apenas me perguntando o que aconteceu, mas isso é uma preocupação menor no momento.