Как решить проблему утечки исходного IP и DDoS-атак даже при использовании CDN Cloudflare?

Вам следует использовать брандмауэр, предоставляемый вашим провайдером VPS. Использование хост-ориентированного брандмауэра будет гораздо менее эффективным в борьбе с DDoS-атаками, так как трафик всё равно достигает вашего сетевого стека.