개인 의견을 조금 남겨 보겠습니다.
결국 핵심은 플러그인입니다. 멀티사이트 환경에서는 설치한 플러그인이 네트워크 내 모든 사이트에 사용 가능해지지만, 독립형 사이트는 각자 고유한 플러그인 조합을 갖게 됩니다.
독립형 사이트는 멀티사이트 단일 인스턴스보다 시스템 리소스 사용량이 더 높을 가능성이 큽니다. 각 컨테이너가 동일한 프로세스를 실행하기 때문입니다. 다만, 일부 사이트의 트래픽이 다른 사이트에 비해 극적으로 높지 않는 한 실제 성능에 직접적인 영향을 미치지는 않습니다.