Consegui fazer funcionar entrando no container e executando:
bundle install --with migrations
O problema é que a tarefa rake rake ai:embeddings:backfill faz o seguinte:
Parallel.each(topics.all, in_processes: args[:concurrency].to_i, progress: "Topics") do |t|
ActiveRecord::Base.connection_pool.with_connection do
vector_rep.generate_representation_from(t)
end
end
o que precisa ter ruby-progressbar carregado, mas ele é ignorado porque está no grupo de migrações do Gemfile.