Замечаете ли вы какие-либо сообщения об ошибках, подобные «Global messages on xx timed out, message bus is no longer functioning correctly», в директории /logs?
Ранее я обнаружил, что когда Redis и шина сообщений работают на разных хостах, возникают таймауты, что приводит к сбою синхронизации между различными воркерами Unicorn.
Моим решением было периодически перезагружать весь сервер Unicorn.