¿Cuánto? ¿Decenas, cientos, miles de publicaciones?
Si son más que unas pocas, probablemente tenga sentido obtener un script de importación para hacerlo. Si no son tantas, entonces probablemente aún tenga sentido obtener algo de código para arreglar el markdown en lugar de intentar editarlo a mano. (Una solución aún más descabellada sería tener un plugin que maneje las ediciones de dokuwiki).