Obwohl das technisch absolut möglich ist, halte ich den Ansatz für zu kompliziert, insbesondere da „am Anfang“ schwer zu definieren/erkennen ist, und Sie vermeiden möchten, dass das Plugin B wieder hinzufügt, nachdem der Seitenadministrator es entfernt hat. Außerdem müsste das Plugin eine neu hinzugefügte private Kategorie hinzufügen, aber es müsste in der Lage sein, den Unterschied zwischen einer neuen Kategorie (hinzufügen) und einer Kategorie, die zuvor vom Administrator entfernt wurde (nicht erneut hinzufügen), zu erkennen.
Ich würde mich für eine Einstellung include_private_categories entscheiden, die zunächst leer ist, und das Plugin würde einfach alle öffentlichen Kategorien UND die Kategorien in include_private_categories verarbeiten. Das erspart Ihnen eine Menge Kopfzerbrechen.