Ещё один альтернативный вариант, который я могу представить, — это использование двух отдельных репозиториев: одного для публичного контента и одного для приватного контента.
Сам репозиторий с приватным контентом можно оставить закрытым (вы можете независимо определять, кто имеет к нему доступ).