Темы из некоторых категорий не отображаются на /latest

Это всё ещё самый подозрительный вариант. Я думаю, что отключение звука родительской категории может привести к тому, что подкатегории тоже будут отключены. Вы уверены, что ни одна категория не отключена в ваших настройках?
Если вы отфильтруете «Последние» для одной из подкатегорий, которых нет в неотфильтрованном списке «Последние», какое состояние отслеживания покажет выпадающий список?

Я не думаю, что отключение звука — это правильный способ enforce этого. Я бы попробовал использовать настройки безопасности категорий для этой цели. Разрешение только на чтение в родительской категории, но чтение, ответы и создание в подкатегориях должно предотвратить ответы в родительской категории. Возможно, вам также стоит включить default_subcategory_on_read_only_category. (Я не уверен, что это сейчас имеет большое значение, так как кнопка «Новая тема» больше не отключена в категориях, где вам не разрешено публиковать.)

Не забудьте использовать опцию изменения настройки для существующих пользователей, когда вы уберёте категории из настройки по умолчанию «Отключено».