Anche quel mio server ospitava un solo sito web, come la tua situazione. Anch’io all’epoca non riuscivo a capire il problema da solo, quindi ho scelto di risolverlo passando a un nuovo server.
Penso che se non sei un vero esperto in questo campo, la soluzione più efficiente e semplice sia semplicemente passare a un nuovo server. Se ti consideri un esperto di sistemi, allora puoi prenderti il tuo tempo per analizzare questo server e risolvere il problema correttamente.