Может ли проблема быть вне самого Discourse?
Например, возможно, app.yml монтируется как bind mount в каталог на хосте, или существует неявный bind mount из контейнера в хост, и этот хост-каталог всё ещё синхронизируется/резервируется в старый бакет S3 с помощью чего-то вроде aws s3 sync, rclone, cron-задания или скрипта резервного копирования.
Если app.yml больше не ссылается на старые настройки AWS/S3, я бы в первую очередь проверил хост на наличие запланированных заданий или скриптов синхронизации.