Хотя для вашего сайта это может иметь смысл, это будет функцией, отличающейся от того, как работают канонические URL-адреса для встраиваемых тем. Вы можете реализовать это, но вам придётся сделать это в виде отдельного плагина.
Канонические URL-адреса для встраиваемых тем работают как положено, однако кажется, что в какой-то момент записи встраивания были удалены или на вашем сайте была выполнена какая-то другая операция. Discourse не удаляет записи встраивания тем окончательно, так что там должно было произойти что-то ещё. Если вы не проведёте какую-то кастомную работу, вам потребуется повторно опубликовать эти темы, чтобы снова создать записи встраивания.