Если каноническая ссылка присутствует в HTML, значит, она работает. Вы уже убедились, что она функционирует как положено 
Я не хочу показаться придирчивым. Я понимаю, что SEO — это деликатный и важный вопрос для многих сайтов.
Однако инструмент SEO проведёт ту же проверку, которую вы уже выполнили. Он не скажет вам ничего нового по сравнению с тем, что вы уже знаете.