これはテストしていませんが、おそらく機能するはずです。
hooks:
after_code:
- exec:
cd: $home/plugins
cmd:
- rm -rf discourse-subscriptions
- git clone https://github.com/yourForkUser/discourse-subscriptions
これはプラグインディレクトリから実行されるため、コアに含まれている discourse-subscriptions を削除し、これまで使用していたものに置き換えます。したがって、app.yml に rm -rf を追加し、その後に git clone (これまたは置き換えたい他のプラグイン) を追加するだけで、目的どおりにコアプラグインをフォークに置き換えることができます。