Я не тестировал это, но я почти уверен, что это сработает:
hooks:
after_code:
- exec:
cd: $home/plugins
cmd:
- rm -rf discourse-subscriptions
- git clone https://github.com/yourForkUser/discourse-subscriptions
Поскольку это выполняется из директории плагинов, команда удалит discourse-subscriptions, который теперь включён в ядро, и заменит его на тот, который вы всегда использовали. Таким образом, добавление просто rm -rf в ваш app.yml перед git clone (для этого или любого другого плагина, который вы не хотите включать или который хотите заменить) должно сделать то, что нужно, и заменить плагин ядра на ваш форк.