Non ho la minima idea di cosa tu voglia fare. Pensavo di averla capita, ma sta diventando sempre più confuso.
Vuoi “partire da zero” ma anche una versione “ridotta”. Vuoi costruirla facilmente su qualsiasi distro e renderla allo stesso tempo più semplice. E citi un articolo che parla di quanto sia difficile distribuire app su Linux Desktop, che discute i tempi di avvio e i driver grafici, cose che mi sembrano piuttosto irrilevanti.
Per ora mi attengo alla mia prima risposta (che finora è stata ignorata)
e quello che dice @pfaffman è molto vero indeed