Eu realmente não tenho a menor ideia do que você quer fazer. Pensei que tivesse, mas está cada vez mais confuso.
Você quer “começar do zero”, mas também uma versão “reduzida”. Você quer construí-lo facilmente em qualquer distro e torná-lo mais simples ao mesmo tempo. E você cita um artigo que fala sobre como é difícil implantar aplicativos no Linux Desktop, que discute tempos de inicialização e drivers gráficos, o que me parece irrelevante.
Por enquanto, mantenho minha primeira resposta (que foi ignorada até agora)
e o que @pfaffman diz é muito verdade mesmo