Вы можете добавить секцию labels: в ваш файл app.yml, чтобы включить метки Docker для контейнера Discourse при его запуске через launcher. Альтернативно, вы можете использовать команду ./launcher start-command app, чтобы увидеть команду запуска Docker, а затем использовать любые необходимые вам переменные окружения для запуска контейнера Discourse.
Вы не указали, что именно требуется Watchtower для исключения Discourse из его работы, поэтому я не могу дать вам более подробную информацию.